Nâilî’nin hayatı hakkında pek fazla ayrıntı yoktur. Bunun sebebi olarak büyük ve önemli bir devlet memurluğu yapmadığı, devletin ve dönemin ileri gelen kişileriyle bir yakınlığı bulunmaması ve devrin herhangi bir önemli olayı içinde görülmemesidir. Nâilî, şiirden başka bir alanda söz sahibi olmamış, Dîvan’ından başka eser vermemiştir. İşte bu sebeplerden tezkirelerde adı çok nadir ve genellikle kısa olarak anılır ve dönemin tarihçileri onun hakkında ayrıntılı bilgi vermemişlerdir. Bu durumda Nâilî’nin hayatı araştırılırken tezkirelerdeki kısa bilgilere bakmamız gerekir. Tezkirelerin verdiği kısıtlı bilgiye göre Nâilî’nin asıl adı Mustafa’dır. İstanbul’un orta halli memur ailelerinden birinden olduğu anlaşılıyor. Babası maden katiplerinden Piri Halife adında bir kişidir. Bu yüzden bazı kaynaklarda Nâilî, Pirizade olarak geçer. Nâilî’nin doğum yılı belli değildir. Bununla birlikte divanının bazı parçalarından onun 1600 lü yıllarda yaşamış olduğu sonucu çıkartılabilir. Nâilî bir kasidesinde 55 yaşına geldiğini söylüyor. Bu kasideden de en az 55 yaşına kadar yaşamış olduğu çıkartılmıştır.
Safayi’nin tezkiresinde Nâilî için geçen “evail i halinde tahsil-i maarif-i bi-hisabdab sonra….” cümlesinden, Nâilî’nin iyi bir eğitim aldığını görüyoruz. Aslında şiirlerine baktığımızda bu eğitimin izlerini rahatlıkla görürüz. Gençliğinde Nâilî, babasının katiplik yaptığı maden kalemine girmiş, burada derece derece yükselerek baş halifeliğe kadar çıkmıştır. Nâilî’nin ömrü boyunca kalemdeki gelirinden başka geliri olmadığı anlaşılıyor. Yani bu demektir ki Nâilî, dönemin şairleri arasında popüler olan devlet büyüklerine kasideler, gazeller yazıp gelir kapısı elde etmeye çalışması gibi bir çabaya girmemiştir veya bu çabalarında başarılı olamamıştır. Bu durumda Nâilî kendisinin de deyimiyle “fakr-u zaruret” bir hayat yaşamıştır. Bu yüzden de hemen tüm kasidelerinde hayatından memnun olmadığını dile getirmiştir.
Nâilî’nin, hayatı boyunca çektiği sıkıntılar, onun yaşlılık döneminde doruğa çıkmıştır. Yine Safayi’nin tezkiresine göre, Nâilî’yi çekemeyenlerin attığı iftiralar yüzünden şair, dönemin sadrazamı Köprülüzade Fazıl Ahmed Paşa’nın gazabına uğramış, memurluktan atılarak sürgün edilmiştir. Bu konuyla ilgili başka bilgi olmasa da, Nâilî’nin Köprülüzade’ye yazdığı, affını istediği şiirlerine dayanarak bu olayın doğruluğunu teyit edebiliriz. İstanbul’dan uzaklaştırıldığında Nâilî’nin sürgün hayatını diğre bir çok sürgün şair gibi Edirne’de geçirdiğini Nâilî’nin kasidelerinden anlıyoruz. Örneğin şair bir şitaiyesinde (şitaiye: kış mevsimini anlatan şiirler) Edirne’de kış mevsimini anlatmıştır.
Ömrünün son yıllarını gurbette acı içinde geçiren Nâilî, bağışlanması için çok uğraşmış, çeşitli devlet büyüklerine, bil hassa Köprülüzade’ye pek çok şiirler, mektuplar yazmıştır. Nâilî’nin bu kadar çabasına karşın sonunda muradına erdiğini, İstanbul’a döndüğünü yine şiirlerinden anlıyoruz.
Nâilî, 55-60 yaşları civarlarında, İStanbul’da ölmüştür.
